Suomen Lähi-idän instituutin säätiön perustivat Suomen Kulttuurirahasto, Helsingin ja Joensuun yliopistot, Åbo Akademi, Suomen evankelisluterilainen, ortodoksinen ja katolinen kirkko sekä joukko järjestöjä ja yksityishenkilöitä vuonna 1994.
Suomalaisen Lähi-idän tutkimuksen juuret ulottuvat 1600-luvulle saakka, sillä itämaisia kieliä on opiskeltu Suomessa Turun Akatemian (nyk. Helsingin yliopisto) perustamisesta 1640 alkaen. Lähi-itään keskittyvän tiedeinstituutin perustaminen 1990-luvulla pyrki vahvistamaan suomalaisen tutkimuksen kunniakasta perinnettä.
Ensimmäisinä vuosina säätiön toiminnan kehittäminen oli pitkälti asialle omistautuneiden henkilöiden osa-aikaisen tai vapaaehtoisen työn varassa. Suuri kiitos instituutin toiminnan käynnistämisestä ja kehittämisestä kuuluu säätiön hallituksen puheenjohtajana vuosina 1994–2002 toimineelle professori Heikki Palvalle, säätiön asiamiehenä samoina vuosina toimineelle dosentti Aarne Toivaselle ja instituutin ensimmäiselle johtajalle, 1998 aloittaneelle filosofian tohtori Mikko Louhivuorelle. Ensimmäisenä varsinaisena toimintavuonna 1995 säätiö juhli avajaisiaan Jerusalemin kaupungintalolla Mika Waltari -näyttelyn merkeissä, tapasi potentiaalisia yhteistyötahoja ja tuki taloudellisesti viittä Lähi-itään suuntautunutta koulutusmatkaa, joille osallistui yhteensä 120 henkeä.
Kolmen ensimmäisen toimintavuoden aikana säätiöllä ei ollut lainkaan täysipäiväisiä toimihenkilöitä tai omia toimitiloja, vaan toiminta hoidettiin kotimaassa toimivan asiamiehen ja kolmen Lähi-idässä toimivan edustajan voimin. Koulutusmatkojen ja stipendien lisäksi säätiö panosti alusta lähtien myös kulttuuriin. Vuonna 1996 suomalaista kulttuuria esiteltiin näyttävästi Kairossa, seuraavana vuonna Damaskoksessa ja 1998 Ammanissa. Samaan aikaan säätiön luottamushenkilöt ja paikalliset edustajat loivat pohjaa vakiintuneelle toiminnalle.
Vuonna 1998 instituutti sai ensimmäiset toimitilansa ja sen ensimmäisenä (osa-aikaisena) johtajana aloitti 1. huhtikuuta 1998 FT Mikko Louhivuori. Instituutti sai käyttöönsä toimipisteet Palestiinan itsehallintoalueella Beit Jalassa ja Jordaniassa Ammanissa. Vuosikymmenen loppua kohden myös toiminta Egyptissä ja Syyriassa vakiintui: instituutin Kairon edustajaksi nimitettiin tohtori Said Sadek ja vuonna 2000 suomalaisten tutkijoiden käyttöön vuokrattiin huoneisto Damaskoksesta. Merkittävällä sijalla Louhivuoren johtajakaudella oli Artas-projekti eli Artasin kylän monikulttuurinen kunnostustyö. Projektin yhteydessä valmistettiin Artasin kylää 1920-luvulla kuvanneen, kansainvälisesti tunnetun suomalaisen antropologin Hilma Granqvistin työstä kertova näyttely.
Suomen Lähi-idän instituutin säätiö on tukenut alkuajoistaan lähtien merkittävästi myös suomalaisia kaivausprojekteja alueella: Suomen teologisen instituutin pääsihteerin Eero Junkkaalan johtamaa Emmaus-Nikopoliin kaivausprojektia ja Helsingin yliopiston eksegetiikan osaston Kinneret -kaivausprojektia.
Instituutin toisen johtajan, edelleen osa-aikaisesti instituuttia johtaneen FT Irmeli Perhon kaudella (2002–2005) päätoimipisteeksi vakiintui Damaskos. Beit Jalan toimipisteestä oli jouduttu luopumaan vuonna 2001 Palestiinalaisalueiden epävakaan poliittisen tilanteen vuoksi ja vuonna 2004 Ammanin tutkijahuoneistosta luovuttiin kustannussyistä. Toimipisteiden supistamisesta huolimatta instituutin toiminta jatkui laaja-alaisena myös maantieteellisesti. Kuvaavaa on, että vuonna 2004 vietettyjä säätiön 10-vuotispäiviä juhlittiin neljässä eri Lähi-idän maassa. Irmeli Perhon johdolla instituutin tärkeäksi toimintamuodoksi nostettiin yhteistyössä suomalaisten yliopistojen kanssa järjestetyt yliopisto-opiskelijoille suunnatut kurssit.
Instituutin kolmannen johtajan dosentti Raija Mattilan aikana (2005–2008) Suomen Lähi-idän instituutti sai toiminnalleen hienot puitteet. Vuonna 2005 instituutin käyttöön ostettiin nk. Zeitunan talo Damaskoksen Vanhasta kaupungista. Talon hankinnan rahoitti Alfred Kordelinin Yleinen Edistys- ja Sivistysrahasto, ja vuosina 2007–2008 toteutettuun restaurointiin saatiin rahoitusta Suomen Kulttuurirahastolta, Svenska Kulturfondenilta, Helsingin yliopistolta, Åbo Akademilta ja Thuringin säätiöltä. Talo restauroitiin paikallista rakennusperinteitä kunnioittaen. Restaurointiprojektin myötä Lähi-idän rakennustaide ja konservointi korostuivat instituutin kurssitoiminnassa ja harjoittelijoiden valinnassa. Raija Mattilan johtajakausi huipentui Zeitunan talon juhlallisiin vihkiäisiin joulukuussa 2008. 1800-luvulta peräisin olevan rakennuksen ensimmäisessä kerroksessa sijaitsivat instituutin toimisto- ja opetustilat sekä kirjasto, toisessa viisi vierashuonetta.
Mattilan kaudelle sijoittui myös toinen tärkeä merkkipaalu: ensimmäisen laajamittaisen suomalais-arabialaisen sanakirjan julkaiseminen vuonna 2007. Suomen Lähi-idän instituutin säätiö oli mukana Egyptin suurlähettilään Mahmoud Mahdy Abdallahin sanakirjaprojektissa vuodesta 1999 lähtien.
Instituutin neljännen johtajan, dosentti Hannu Juusolan kaudella (2009–2010) instituutin toimintaa vakiinnutettiin ja laajennettiin. Kiinnostus instituuttia kohtaan kasvoi uuden hienon instituuttitalon myötä niin Suomessa, Syyriassa kuin muuallakin. Juusolan kaudella seminaari- ja kurssitoiminnan volyymi kasvoi, arabian puhekielen intensiivikurssit otettiin kiinteäksi osaksi instituutin toimintaa, ja myös instituutin kulttuuritoiminta oli aiempaa vilkkaampaa. Instituutissa mm. järjestettiin taidenäyttelyitä ja vastaanotettiin suomalaisia residenssivieraita. Hannu Juusolan kauden ehdoton kohokohta oli Suomen tasavallan presidentin ja hänen puolisonsa vierailu instituutissa lokakuussa 2009.
Syksyllä 2010 eri arabimaissa alkaneet mielenosoitukset levisivät keväällä 2011 myös Syyriaan ja muuttuivat loppuvuodesta veriseksi sisällissodaksi. Syyriassa toimimisen käytyä mahdottomaksi instituutin toimisto muutti vuodeksi 2012 Ammaniin Jordaniaan, ja siirtyi sieltä vuoden 2013 alussa Beirutiin, Libanoniin, missä Suomen kunniapääkonsuli Zafer Chaoui tarjosi instituutille toimitilat. Huolimatta Lähi-idän kriiseistä, instituutti pystyi toimimaan täysimääräisesti ja vahvisti tutkimus- ja kurssitoimintaansa. Kerkkäsen kaudella aloitettiin säännöllisten, Suomessa järjestettyjen Lähi-idän ja Pohjois-Afrikan tutkimuksen kollokvioiden sarja, Lukemista Levantista -kirjoitussarja sekä käynnistettiin instituutin oma tutkijavierailuohjelma ja Tiedeinstituuttifoorumi. Vuoden 2015 syksystä lähtien instituutissa on ollut johtajan lisäksi myös toinen tutkija.
Raija Mattilan toisella kaudella instituutti on asettunut pysyvästi Beirutiin: vuonna 2015 kunniapääkonsuli Zafer Chaoui antoi instituutin käyttöön uudet, aiempaa suuremmat tilat, 2016 instituutti luopui lopullisesti Damaskoksessa sijaitsevasta Zeitunan talosta, ja kesällä 2017 instituutti rekisteröitiin virallisesti Libanonissa. Lähi-idän toisinaan vaikeista ja epävakaista olosuhteista huolimatta instituutti on onnistunut kasvattamaan ja laajentamaan toimintaansa sekä profiloitumaan Lähi-idän alueen asiantuntijaorganisaationa. Kriisit ja alueelta Eurooppaan ja myös Suomeen tulleet pakolaiset ovat luoneet kysyntää instituutin tuottamalle tiedolle ja sen asiantuntemukselle. Lähi-idästä Suomessa käytyyn keskusteluun instituutti osallistuu mm. blogin, Lähi-itä NYT – ajankohtaisia analyyseja, välityksellä. Blogin vastaava toimittaja on professori Hannu Juusola.
Vuosina 2014–2018 ja 2019–2022 instituuttia ylläpitävä Suomen Lähi-idän instituutin säätiö vastasi Anna Lindh -säätiön (ALF) Suomen verkoston koordinaatiosta. ALF:n edistää kulttuurienvälistä vuoropuhelua ja kansalaisyhteiskunnan toimintaa Välimeren molemmin puolin.
Suomen Lähi-idän instituutin säätiön puheenjohtajien ja varapuheenjohtajien sekä muiden hallituksen jäsenten, aiempien asiamiesten ja instituutin johtajien ja muiden edustajien pitkäjänteinen työ on luonut suomalaiselle tieteelle ja taiteelle tärkeän tukikohdan Lähi-itään.
Suomen Lähi-idän instituutin johtajat
- FT Mikko Louhivuori 1998–2002
- FT Irmeli Perho 2002–2005
- dosentti Raija Mattila 2005–2008
- dosentti Hannu Juusola 2009–2010
- FT Ari Kerkkänen vuoden 2011–2014
- dosentti Raija Mattila 2014–2020
- dosentti Irina Piippo 2020–2023
- FT Anu Leinonen 2022 vt.
- dosentti Susanne Dahlgren 2023–
Suomen Lähi-idän instituutin säätiön puheenjohtajat
- professori Heikki Palva 1994–2002
- pääjohtaja TT Jussi Nuorteva 2003–2007
- professori Jaakko Hämeen-Anttila 2007–2010
- professori Martti Nissinen 2010–2022
- professori Hannu Juusola 2022–2024
- neuvonantaja, FT Olli Ruohomäki 2024–
Suomen Lähi-idän instituutin säätiön asiamiehet
- dosentti Aarne Toivanen 1994–2002
- Esa Virtanen vt. 2002
- FT Sanna Aro-Valjus 2002–2006
- FM Heli Oksanen 2006–2009
- FT Anu Leinonen 2008–2009 vt., 2009–2019
- FT Inka Nokso-Koivisto 2019–2020 vt.
- FT Anu Leinonen 2021–2022
- FT Inka Nokso-Koivisto 2022 vt.
- FT Anu Leinonen 2022–
